Eksploatacja stacji Sekuła II prowadzona jest w oparciu o 14 studni głębinowych zgodnie z pozwoleniem wodnoprawnym GK-ROŚ.6341.13.2015 z 31 grudnia 2015 r. zezwalającym na pobór wody z ujęcia Sekuła II w łącznej ilości maksymalnej godzinowej Qmaxh = 590,0 m³/h oraz  odprowadzenie wód popłucznych w ilości maksymalnej dobowej 250 m³/d. Pozwolenie ważne jest do 30 grudnia 2035 r. w zakresie poboru wód podziemnych i do 30 grudnia 2025 r.w zakresie odprowadzania wód popłucznych.

W 2008 roku zakończono modernizację ujęcia i stacji uzdatniania wody Sekuła II, obejmującą procesy uzdatniania i tłoczenia wody do sieci miejskiej umożliwiające pracę obiektu ze zdalnym sterowaniem oraz monitoringiem. Wybudowano zbiornik retencyjny o pojemności 1 200m³, co pozwoliło na zwiększenie bezpieczeństwa stałej dostawy wody. Inwestycja realizowana była przy nieprzerwanej pracy ujęcia w kilku etapach. Celem  modernizacji  było: zmniejszenie energochłonności urządzeń do produkcji i dystrybucji wody, zwiększenie bezpieczeństwa dostawy wody do odbiorców, zwiększenie wydajności urządzeń uzdatniających i pompowni II°, zmiana systemu napowietrzania i płukania, zapewnienie dostawy wody o jakości zgodnej z  wymogami UE i wytycznymi WHO.

W 2010 roku wykonano remont kapitalny sprężarki śrubowej dostarczającej powietrze do instalacji technologicznej. Prowadzono bieżące prace konserwacyjne studni głębinowych, zapewniając optymalne warunki pracy stacji w celu utrzymania parametrów jakości i ciągłości podawania wody do odbiorców.